分中心的主要任務是圍繞香港和內地城市可替代水資源開發利用過程中的重大工程技術需求，重點開展城市供水安全保障技術、城市水污染綜合防治技術、城市水系統優化及水資源高效循環利用技術等方面的研究開發及水處理產品與設備的質量監督、檢驗，形成適用於獨特的城市水資源特點的應用技術體系，並向全行業轉移、推廣，提升香港和內地水資源開發利用及水污染控制領域的自主創新能力。