分中心的目標是建設一個能夠為本領域提供原創性關鍵技術、有學科交叉、綜合開發與集成能力、開放式、支撐性的工程技術研發基地和技術創新源頭；在促進科技成果的工程化和產業化進程中，為行業培養和輸送更多工程技術人才和管理人才，並通過以行業標準的製定和技術轉移建立新型的科技產業集團與跨地區的水資源領域的龍頭企業。